其实你的说法存在漏洞，漏洞在于没有假设各个部分的质量。
我把模型简化成一根水平的无重力真空中的管子，左端堵上缓冲材料，右端堵上刚性材料，缓冲材料会损坏，而刚性材料和管体不会损坏。中间的炸药爆炸时朝左右飞出质量速度相等的两块。

分析开始

爆炸——》碎块飞出——》碎块同时到达，此时分左右两部分分析。
右边的碎块碰到刚性材料后瞬间停止（速度对于地面为0），动量完全传递给管子结构，有能量转换为内能
左边的碎块陷入缓冲材料，过程中部分动量传递给管子结构，部分动量残余，残余动量I=碎块质量与速度的积，但是碎块本身完全进入缓冲材料内，且相对静止后，与管体结构融为一体，其给予管体结构的动量与另一半碎块的动量的大小相等
因为管体左右两部分受到的冲量等大反向，所以其本身最终是静止的。
从时间上来分析，碎块到达的瞬间管体结构应该是向右运动的，等到左边的碎块完全陷入并相对静止了以后，管体回归静止。

过程中的质心移动分析：因为对于各个部分的质量必须符合右边碎块撞击后完全静止的假设，也就是说在左边碎块陷入前，管体结构的质量与单个碎块的质量相等。
在此进一步假设下，从碎块到达的瞬间开始分析：

右碎块静止，管体结构以碎块飞行速度V朝右飞行，左碎块以V向左飞行，且处于接触缓冲材料的临界位置
这时候，把左碎块与管体结构作为整体进行分析，他们质量相等，减速过程相互给予等大反向的摩擦力，因此管体结构与左碎块的速度等大反向，因此具有等大反向的位移，因其两部分质量相等，位移矢量和为零，所以整体的质心位移为零，而剩下的一部分，也就是右碎块是静止的，因此全过程质心移动为零
所以说牛顿运动定律在宏观物体惯性参考系下还是适用的，全过程质心不移动。