基于rDNA-ITS序列的测序,对一株真菌进行鉴定
atlas2012/07/13生物学
一些介绍性的内容已经较早前发在论坛上了。
传送门:
基于rDNA-ITS序列的生物分类
https://www.kechuang.org/t/36981
基因组DNA的提取与ITS序列的扩增
https://www.kechuang.org/t/36736
补充扩增后的凝胶成像图谱
its.jpg
以上X701,X705, X706, X712四个真菌均扩增出了ITS序列,DNA片段大小符合预期,TR441未扩增出片段。
将 X701,X705, X706, X712以上四个真菌菌株的ITS序列扩增产物,送上海生工进行测序。(测序现在一般都是用的是自动化的双脱氧PCR测序技术,结合荧光技术,自动读取序列。)

几天后我得到了结果,只有X701测序成功,其他的没测出来。。。我表示很郁闷,下次看来纯化一下再送好了。。。

测序结果:
GGGCATCGACTTTCACTCATCACCCTGTGACATACCTATAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTAACACGGGCCGCCCCCGCCAGAGGACCCCCTAACTCTGTTTCTATAATGTTTCTTCTGAGTAAACAAGCAAATAAATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTACAACCCTCAGGCCCCCGGGCCTGGCGTTGGGGATCGGCGGAAGCCCCCTGCGGGCACAACGCCGTCCCCCAAATACAGTGGCGGTCCCGCCGCAGCTTCCATTGCGTAGTAGCTAACACCTCGCAACTGGAGAGCGGCGCGGCCACGCCGTAAAACACCCAACTTCTGAATGTTGACCTCGAATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAGTGCGGAGAGGAA
701测序.jpg
由于产物未纯化,故前后各有20个bp测得是不准确的。故舍弃掉前后20bp提交到了NCBI(National center for biotechnology information)进行Blast序列比对。
发现测序的菌株与Fusarium solani腐皮镰刀霉的同源性达到了100%,故可以认定该测序菌株为Fusarium solani
+100  科创币    wesker    2012/07/13 上Q有事要说
来自:生物医药 / 生物学
2
听我说瞎话
10年1个月前
1楼
看不懂的的撸过[s:219]
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