基于rDNA-ITS序列的测序,对一株真菌进行鉴定
atlas2012/07/13生物学 IP:陕西
一些介绍性的内容已经较早前发在论坛上了。
传送门:
基于rDNA-ITS序列的生物分类
https://www.kechuang.org/t/36981
基因组DNA的提取与ITS序列的扩增
https://www.kechuang.org/t/36736
补充扩增后的凝胶成像图谱
its.jpg
以上X701,X705, X706, X712四个真菌均扩增出了ITS序列,DNA片段大小符合预期,TR441未扩增出片段。
将 X701,X705, X706, X712以上四个真菌菌株的ITS序列扩增产物,送上海生工进行测序。(测序现在一般都是用的是自动化的双脱氧PCR测序技术,结合荧光技术,自动读取序列。)

几天后我得到了结果,只有X701测序成功,其他的没测出来。。。我表示很郁闷,下次看来纯化一下再送好了。。。

测序结果:
GGGCATCGACTTTCACTCATCACCCTGTGACATACCTATAACGTTGCCTCGGCGGGAACAGACGGCCCCGTAACACGGGCCGCCCCCGCCAGAGGACCCCCTAACTCTGTTTCTATAATGTTTCTTCTGAGTAAACAAGCAAATAAATTAAAACTTTCAACAACGGATCTCTTGGCTCTGGCATCGATGAAGAACGCAGCGAAATGCGATAAGTAATGTGAATTGCAGAATTCAGTGAATCATCGAATCTTTGAACGCACATTGCGCCCGCCAGTATTCTGGCGGGCATGCCTGTTCGAGCGTCATTACAACCCTCAGGCCCCCGGGCCTGGCGTTGGGGATCGGCGGAAGCCCCCTGCGGGCACAACGCCGTCCCCCAAATACAGTGGCGGTCCCGCCGCAGCTTCCATTGCGTAGTAGCTAACACCTCGCAACTGGAGAGCGGCGCGGCCACGCCGTAAAACACCCAACTTCTGAATGTTGACCTCGAATCAGGTAGGAATACCCGCTGAACTTAAGCATATCAAAGTGCGGAGAGGAA
701测序.jpg
由于产物未纯化,故前后各有20个bp测得是不准确的。故舍弃掉前后20bp提交到了NCBI(National center for biotechnology information)进行Blast序列比对。
发现测序的菌株与Fusarium solani腐皮镰刀霉的同源性达到了100%,故可以认定该测序菌株为Fusarium solani
+100  科创币    wesker    2012/07/13 上Q有事要说
来自:生物医药 / 生物学
2
已屏蔽 原因:{{ notice.reason }}已屏蔽
{{notice.noticeContent}}
~~空空如也
听我说瞎话
11年10个月前 IP:未同步
420159
看不懂的的撸过[s:219]
引用
评论
加载评论中,请稍候...
200字以内,仅用于支线交流,主线讨论请采用回复功能。
折叠评论

想参与大家的讨论?现在就 登录 或者 注册

所属专业
上级专业
同级专业
atlas
学者 笔友
文章
163
回复
1993
学术分
16
2007/07/27注册,2年3个月前活动

<center><b>Atlas_Biotech</b></center><p>

主体类型:个人
所属领域:无
认证方式:邮箱
IP归属地:未同步
文件下载
加载中...
{{errorInfo}}
{{downloadWarning}}
你在 {{downloadTime}} 下载过当前文件。
文件名称:{{resource.defaultFile.name}}
下载次数:{{resource.hits}}
上传用户:{{uploader.username}}
所需积分:{{costScores}},{{holdScores}}下载当前附件免费{{description}}
积分不足,去充值
文件已丢失

当前账号的附件下载数量限制如下:
时段 个数
{{f.startingTime}}点 - {{f.endTime}}点 {{f.fileCount}}
视频暂不能访问,请登录试试
仅供内部学术交流或培训使用,请先保存到本地。本内容不代表科创观点,未经原作者同意,请勿转载。
音频暂不能访问,请登录试试
支持的图片格式:jpg, jpeg, png
插入公式
评论控制
加载中...
文号:{{pid}}
投诉或举报
加载中...
{{tip}}
请选择违规类型:
{{reason.type}}

空空如也

加载中...
详情
详情
推送到专栏从专栏移除
设为匿名取消匿名
查看作者
回复
只看作者
加入收藏取消收藏
收藏
取消收藏
折叠回复
置顶取消置顶
评学术分
鼓励
设为精选取消精选
管理提醒
编辑
通过审核
评论控制
退修或删除
历史版本
违规记录
投诉或举报
加入黑名单移除黑名单
查看IP
{{format('YYYY/MM/DD HH:mm:ss', toc)}}