.NET和Win32联合编程大概有以下几个途径：

1. 使用C#的DllImport直接引入WinAPI（少量方便，大量麻烦，但是可以用Any CPU编译）
2. 使用C++编写Win32DLL供C#调用（比较方便，但限制很多，不能用Any CPU，但是不受编译器限制）
3. 使用C++/CLI编写类库供C#调用（方便，但是不能用Any CPU，受编译器限制，.NET2.0/3.x必须使用VC++2005/2008编译）
4. 使用C++调用.NET非托管接口（非常麻烦，难度极高，而且限制很多，不能用Any CPU，但是不受编译器限制）

编写COM组件互相调用之类的麻烦方法就不说了

个人推荐的做法如下——

想要使用Any CPU，或者WinAPI调用较少易于管理：

1. 只能使用C#的DllImport直接引入WinAPI

不需要使用Any CPU，WinAPI调用较多，对于.NET3.5程序：

1. 能用VC++2005/2008，直接使用C++/CLI编写类库供C#调用
2. 不用VC++2005/2008，使用C++编写Win32DLL供C#调用

不需要使用Any CPU，WinAPI调用较多，对于.NET4.0程序：

1. 直接使用C++/CLI编写类库供C#调用

不推荐使用.NET非托管接口，得不偿失。

关于.NET 3.5/4.0断层——

.NET 2.0/3.x程序如果想运行在4.0以上版本，必须添加xxx.exe.config配置文件指定.NET版本：

<configuration>
  <startup uselegacyv2runtimeactivationpolicy="true">
    <supportedruntime version="v4.0.30319">
    <supportedruntime version="v2.0.50727">
  </supportedruntime></supportedruntime></startup>
</configuration>

.NET 4.x程序无法运行在2.0/3.x或更低版本下。

新版VS可以编译.NET 2.0/3.x的C#程序程序，是因为.NET 2.0/3.5自带C#2.0和C#3.0编译器，VS会调用它们进行编译。

相比而言，C++/CLI就麻烦多了，因为.NET并不自带VC++2005或VC++2008编译器，而新版编译器编译的程序只兼容.NET4.x，因此如果需要编译.NET 2.0/3.x程序的话，需要自备编译器。