玩转个人基因招募小伙伴
xjp13 2014-10-14农业
     前段时间发文《一个开源人类基因组数据库的想法https://www.kechuang.org/t/66555受到大家强烈的回应。通过2个多月的准备,我整理了一些资料分享给大家,让大家零基础玩转个人基因。由于本人空余时间不多,需要招募小伙伴一起整理排版这些资料,届时资料将陆续公布到科创论坛,希望坛主开个专版,可否?哈哈,希望感兴趣的小伙伴踊跃报名哦!成都的小伙伴请注明是本地的,我们空余可以见面交流!
QQ群:78715814
来自 农业
2014-10-14 20:40:41
xjp13(作者)
1楼
应科创论坛要求现将发起人信息公布一下,以及整个计划的规划:
Xjp13   男   30岁    生物工程专业背景,现供职于成都某科技公司,我自己参加过23andme的测序,也在等待全基因组测序价格降到1000元内。

目的:基因知识科普,为广大基因爱好者提供一个入门的平台。未来的医疗服务基因检测将大量运用,掌握一些相关基础知识是很有必要的。

实施:计划是将基于SNPedia的5万多条SNP数据翻译部分过来(我已经开始翻译),筛选其中好玩的部分给零基础的爱好者参考学习用,并提供样本序列,让大家直观体会基因信息包含的奥秘。并写一个很基础的生物信息软件,将翻译的数据可视化展现出来。
为何选择SNPedia数据库:该数据库结构简单,本身就是科普型的,用户不容易被这种数据类型搞得头晕,里面最主要就是SNP的数据。且该数据库提供了丰富的链接,把他们数据的出处指向了NCBI、HapMap等专业的数据库,为爱好者深入学习提供了支持。
该计划的主要目的是科普基因的相关知识,为大家提供一个了解相关行业的平台。这里可能会有一些趣味性,比如:
喝酒脸红的奥秘,
你对蔬菜的苦味是否敏感,
有人吃香菜觉得肥皂味,
容易近视和肥胖也有遗传原因哦、
干稀耳屎基因决定。
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2楼
顶一下
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2014-10-15 00:37:46
3楼
不明觉历
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2014-10-16 18:47:43
2014-10-16 18:47:43
4楼
SNP。。。
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5楼
引用 xjp13:
应科创论坛要求现将发起人信息公布一下,以及整个计划的规划:
Xjp13   男   30岁    生物工程专业背景,现供职于成都某科技公司,我自己参加过23andme的测序,也在等待全基因组测序价格降到1000元内。

目的:基因知识科普,...
这个要是不是理解而是去制作就有意思了
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2014-10-17 17:33:41
xjp13(作者)
6楼
引用 499382569:
顶一下
谢谢![s::lol]
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xjp13(作者)
7楼
引用 xiaobai152:
SNP。。。
SNP 即单核苷酸多态性,指某个位点的的碱基有多种可能性,不同的可能性可能会导致不同的表型
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xjp13(作者)
8楼
引用 布布卡:
这个要是不是理解而是去制作就有意思了
有制作的,打算给大家做一个开源的PCR方案,自己动手做PCR
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2014-10-18 00:29:58
9楼
引用 xjp13:
SNP 即单核苷酸多态性,指某个位点的的碱基有多种可能性,不同的可能性可能会导致不同的表型
我知道啊,表示回复这条前一个小时分子刚讲过
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xjp13(作者)
10楼
引用 xiaobai152:
我知道啊,表示回复这条前一个小时分子刚讲过
嗯嗯,既然是搞生物的那就一起想看看如何玩比较安逸,不知是否做实验搞烦了,呵呵
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11楼
楼主为何不从真核单细胞生物做起?
人的基因表达实验好做么?
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12楼
建议增加趣味性。。。。感觉是片蓝海,很有操作的空间
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xjp13(作者)
13楼
引用 justkaka:
楼主为何不从真核单细胞生物做起?
人的基因表达实验好做么?
考虑用人主要是相关信息慢慢会和健康相关,可能就与每一个人相关了,比如医院开始提供的无创产检,就是通过母血中胎儿的游离DNA检测胎儿是否有遗传病,再如某公司最近推出的高血压用药检测芯片,等等。我们科普人的基因知识就是想广大群众中理解基因相关的健康知识。如果做真核单细胞生物,最好就选择酵母,目前对酵母的研究非常详细,合成基因已开始对酵母的多条染色体全合成了,这个模式生物的数据极其详细。
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xjp13(作者)
14楼
引用 hjs2288:
建议增加趣味性。。。。感觉是片蓝海,很有操作的空间
嗯嗯,慢慢会增加趣味性的,现在还只是个开始,大家集思广益!
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2014-10-19 08:31:52
15楼
引用 xjp13:
考虑用人主要是相关信息慢慢会和健康相关,可能就与每一个人相关了,比如医院开始提供的无创产检,就是通过母血中胎儿的游离DNA检测胎儿是否有遗传病,再如某公司最近推出的高血压用药检测芯片,等等。我们科普人的基因知识就是想广大群众中理解基因相关的...
你是专做基因检测的,对么?转基因能介绍一下么?
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xjp13(作者)
16楼
引用 justkaka:
你是专做基因检测的,对么?转基因能介绍一下么?
我不是专做基因检测的,在朋友公司帮忙分析数据。介绍转基因流程还是评价下它备受争议的现状?
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17楼
引用 xjp13:
我不是专做基因检测的,在朋友公司帮忙分析数据。介绍转基因流程还是评价下它备受争议的现状?
我没表达清楚。
我看了一些资料,通过质粒,噬菌体,专座子导入外源
基因,进行蛋白质产出表达。
我想了解有没有详细介绍一个物种的具体操作。

例如 面包酵母 第3条染色体,320K bp内
是否可以在任意位置插入任意长度的外源基因。

是否可以替换CDC39整段特定功能区。
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xjp13(作者)
18楼
引用 justkaka:
我没表达清楚。
我看了一些资料,通过质粒,噬菌体,专座子导入外源
基因,进行蛋白质产出表达。
我想了解有没有详细介绍一个物种的具体操作。

例如 面包酵母 第3条染色体,320K bp内
是否可以在任意位置插入任意长度的外源基因。

是否可...
参考一下这两本书《酵母遗传学方法实验指南》《转基因技术:原理与实验方案》
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19楼
转基因,说着高端还是很简单的东西,质粒拼接,转移质粒,然后就是玩概率了。。
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2014-10-20 07:13:00
20楼
引用 fuwen0202:
转基因,说着高端还是很简单的东西,质粒拼接,转移质粒,然后就是玩概率了。。
请教一下
面包酵母 第3条染色体,替换CDC39功能区概率有多大?
各功能区概率有多大?
那有详细的资料可查?
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xjp13(作者)
21楼
引用 fuwen0202:
转基因,说着高端还是很简单的东西,质粒拼接,转移质粒,然后就是玩概率了。。
已经跑题了,我得把话题引回来。以后开个转基因专题,我们目前打算科普人的遗传数据!
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22楼
楼主对个人基因简单分析注释,用途是个人用药和疾病预防么?
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xjp13(作者)
23楼
引用 justkaka:
楼主对个人基因简单分析注释,用途是个人用药和疾病预防么?
不是,我们这开放的数据不能用于个人用药和疾病预防,要达到这个目的需要漫长而复杂的临床数据收集和整理,这些数据就是那些公司的核心竞争力,是不公开的,我们这里是科普目的,让大家慢慢接触这个,个人认为未来医疗将处处用到类似的数据,算是打个基础吧!
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2017-8-29 23:01:29
2017-8-29 23:01:29
24楼
基因相关的实验首先要会的是pcr实验。而pcr实验的前提是核酸提取功夫和技术要过关。提取DNA和RNA这两种实验要有扎实的操作基础才行。分子生物学实验最坑爹的是要想便宜就要花好大的力气和时间去做。提取这两种核酸成本最低的都离不开冷冻高速离心机。我们实验天天都在做PCR和RT-PCR,通过标准化的操作规程提取RNA要2个小时。DNA加上裂解至少也要2个小时。如果是难以裂解的就要过夜裂解。PCR实验要是没有PCR仪器业余的就准备好至少3口不同温度的水域锅。要按照程序30秒换一个温度。这样重复个30个循环要记住。RNA相关的实验就不能马虎,RNA极其容易降解。不是引物RNA不稳定,而是自然界的生物会不断产生RNA酶向外排放。而且RNA酶高温灭菌不会失去活性。这就是难度。RNA实验要大量使用有毒的RNA酶抑制剂和蛋白变性剂。PCR试剂很便宜现在基本可以控制在1个孔2块钱以内。RT-PCR试剂就很贵十倍与PCR试剂的成本。而且PCR操作或者提取核酸都是以微升为单位计算的,移液器是少不了的。对还有要看PCR结果还需要琼脂糖凝胶电泳这种最基础的手段。其他高大上的就不说了。

[修改于 2 年前 - 2017-08-29 23:03:37]

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25楼
PCR实验反应体系一般买商业化的这样方便也不贵,万一污染了就扔掉其中一管就可以了。对了,PCR最怕污染,一个阳性的核酸飘在空气中要是落到了管里面经过30多轮的反应会被放大百万倍。就会在电泳的时候看见条带。PCR最核心的是引物,不同的PCR有不同的引物,这个要设计。引物是专一的。只能扩增出目标片段。设计不好的引物容易发生非特异扩增。引物是定制的,设计好就交给引物公司去合成的。引物合成现在白菜价都不如。合成一对每条一般2.5OD或者2OD一条的量,因为价钱是一样的,叫公司一OD一管分装。也就一个碱基几毛钱。一OD引物够你做1000个孔没压力。我实验室每次合成都是10OD的量来合成。也就一对下来150块以内搞定。华大基因的。因为我们用得多要经常测序消耗非常快。
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26楼
lz的转基因实验先做最单的往大肠杆菌里面转入外源质粒开始最好。我以前做过这个实验。就用DH5-阿尔法 这个菌株好些。质粒嘛要么买,要么就等其他实验室啥时候有空偷偷寄点出去就有。这个实验没有两天连续下来的很难做我做这个实验光是准备培养基,配抗生素。缓冲液试剂。就花了1天。第二天要一大早开始培养细菌。到OD 600  o.4时候开始收集细菌。然后清洗 氯化钙低温变成感受态,然后将纯化好的质粒加入转换倒进细菌里面然后再放到指定温度培养。接着需要蓝白斑筛选。或者抗生素筛选。实际上就是培养基上面涂布。然后培养。反正非常繁琐。如果再加上从克隆载体上或者文库里面的质粒中切下目的片段,再插入表达载体中,表达载体的构建,白手起家没有个1个星期一个人弄不下来完整一个实验。如果要确认质粒插入外源基因又没有插入错误还要进行测序鉴定这个过程一个载体构建下来一篇本科生毕业论文绰绰有余。虽然期刊上就300字带过实验步骤。但是没有一个月苦苦实验操作是不可能的。更加不用说还要转入植物中。土壤农杆菌介导转化这个更加复杂。后期的抗生素筛选,筛选完成后还有测序鉴定。还要各种各样的操作能一年做出来已经很厉害了。要是能长成植株一篇硕士论文都没有压力。

[修改于 2 年前 - 2017-08-29 23:31:35]

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